Problém vidím ovšem v náročné časové synchronizaci, protože obě nahrávky mohou být mírně jiné (jinak rychlé).
Tohle je zrovna problém malý. Použil bych na to mírně modifikovaný algoritmus, používaný v přijímačích GPS. Tam se také hledá signál, u kterého zpočátku není znám začátek, konec, ani frek...